Рубрика: Статистика

ClinicalTrialUtilities: обзор

ClinicalTrialUtilities – пакет для программной среды вычислений Julia. Цель разработки пакета – создание и объединение в одном пакете инструментов для планирования клинического исследования, а также для выполнения анализа результатов клинических исследований. В цели разработки пакета не входит создание полного статистического пакета для выполнения всех возможных статистических процедур, тем не менее в пакет включены функции, который…

Прочитать статью целиком

Оценка данных вариации литературных источников для определения объема выборки клинических исследований биоэквивалентности

Определение объема выборки – важный шаг планирования клинического исследования биоэквивалентности. Так как вариация исследуемого параметра является определяющим показателем для прогнозирования необходимого объема выборки, необходимо предусмотреть при планировании использование такой оценки, которая учитывает весь  возможный (или как можно больший) объем данных о вариации.

Расчет доверительных интервалов для 2X2 биоэквивалентности: Julia concept code

Julia – развивающийся язык, но содержит достаточное количество инструментов что бы выполнять базовые статистические вычисления. Основные пакеты, которые представляют для нас интерес: DataFrames, GLM и CSV (разумеется MixedModel тоже интересен, но не для 2×2 биоэквивалентности). Простой концепт ниже позволяет получить оценку 90% доверительного интервала для исследования биоэквивалентности.

Julia – язык программирования

Julia — высокоуровневый высокопроизводительный свободный язык программирования с динамической типизацией, созданный коллективом авторов: Стефан Карпински, Джефф Безансон, Вирал Шах. 21 января 2019 был выпущен релиз 1.1.0, а предыдущая версия 1.0.3 – релиз с длительным периодом поддержки. В чем основное отличие от других средств разработки? Разумеется Julia содержит в комплекте поставки набор библиотек для выполнения операций…

Прочитать статью целиком

Код IBM SPSS/SAS/R Project для расчета доверительных интервалов для исследования биоэквивалентности проведенному по адаптивному (adaptive/sequential) дизайну

Код для определения доверительных интервалов исследования биоэквивалентности для T-R контраста. С учетом структуры данных использована модель (ALL FIXED): Y = Subject(Sequence*Stage) + Period(Stage) + Formulation + Sequence + Sequence(Stage) + Stage Фактор: Formulation(Stage) – не включен. Альфа = 0.05 (должна быть переопределена в зависимости от использованного алгоритма). SPSS GLM: 123456789GLM LnVar BY Period Sequence Formulation…

Прочитать статью целиком

R project код для расчета доверительных интервалов исследований биоэквивалентности (non-replicated)

Для расчета 90% доверительного интервала для разницы T/R в исследовании биоэквивалентности рекомендуется применение GLM (общая линейная модель): The Estimate statement in SAS PROC GLM, or equivalent statement in other software, should be used to obtain estimates for the adjusted differences between treatment means and the standard error associated with these differences. Необходимо учесть, что эта…

Прочитать статью целиком

Степени свободы в SAS, SPSS, PhoenixWinNonlin для репликативного дизайна биоэквивалентности – сравнение

Ранее уже писал, что есть некоторое несоответствие SPSS и SAS по расчетам степеней свободы. Не могу точно сказать – какие причины приводят к различиям, но они есть. Для иллюстрации можно рассмотреть доступный датасет, который входит в состав Phoenix WinNonlin RAEBE Template – Example Data EMA 618604 2008 Rev 7.xls Выполним код SAS для этого датасета:

IBM SPSS Bioequivalence Full Replicate (Код IBM SPSS для репликативного дизайна биоэквивалентности)

Ниже представлен код для IBM SPSS для расчета 90% доверительных интервалов исследования биоэквивалентности. Код соответствует референсному коду SAS при условии положительной матрицы Гессе. Т.к. FDA допускает использование COVTYPE – CSH (Heterogeneous Compound Symmetry), а FA0() в SPSS отсутствует, то используется именно этот тип. Надо отметить, что в SPSS при использовании GENLINMIXED структура CSH – недоступна,…

Прочитать статью целиком

IBM SPSS + R Project: Доверительные интервалы для пропорций, независимые группы

Сравнение пропорций является одним из основных методов описания данных и проверки статистических гипотез. И наиболее ценным является интервальная оценка методом построения доверительных интервалов. Гипотезы эффективности, не меньшей эффективности, эквивалентности могут быть проверены с помощью построения доверительных интервалов. Но если мы посмотрим на набор инструментов IBM SPSS, то нам может сперва стать немного дурно, так как…

Прочитать статью целиком

R Project: инструменты для рандомизации в клинических исследованиях

Речь пойдет о двух библиотеках для создания рандомизационных последовательностей. В чем суть проблемы? – Может показаться, что для составления рандомизационных последовательностей подойдет любой способ случайного распределение в группы. Однако, прежде всего необходимо ответить на вопрос: каковы критерии “правильной” рандомизационной последовательности? Попробуем их сформулировать: Рандомизационная последовательность не должна быть привычной, т.е. одной и той же или…

Прочитать статью целиком